慕德中學開辦多項課外活動，範疇涵蓋靈命培育、社會服務、智能發展、體藝發展和興趣培育。學校推行「一生一體藝」計劃，規定中一學生必須參加至少一項課外活動，藉以豐富學生的全方位學習經歷。
包括學生團契、基督少年軍、敬拜隊
包括慕德創客隊、機械人創科隊、無人機表演隊、中文辯論隊、慕德棋藝隊、粵普朗誦隊、英文演說隊、中文學會、英文學會、數學學會、經濟及會計學會、體育學會、視覺藝術學會、音樂學會
包括籃球隊、足球隊、排球隊、乒乓球隊、羽毛球隊、獨木舟隊、運動攀登隊
包括爵士舞班、塗鴉班、校園電視台、合唱團、無伴奏合唱小組、慕德流行音樂團、色士風班、單簧管班、小提琴班、中提琴班、長笛、短笛班、電結他班、低音結他班、攝影隊、電繪班、戲劇欣賞學會、75周年音樂劇團
包括紅十字會青年團、公益少年團、UNICEF Club
包括廚藝班、花藝班
